Mahidevran Sultan ile Kanuni Sultan Süleyman’ın ilk ve tahta çıkmadan önce sahip olduğu çocukları Şehzade Mustafa’dır. Şehzade Mustafa oldukça akıllı, mert ve yiğit bir kişiliğe sahipti. Bu kişiliği ve yönetim becerisi sayesinde de herkes tarafından özellikle de yeniçeri ocağı tarafından fazlasıyla sevilip sayılan bir şehzadeydi. Bu kadar çok seviliyor olmasının yanı sıra en büyük şehzade olması nedeniyle de tahta en yakın varis olarak görülüyordu. Tarihin içerisinde birçok şehir efsanesi mevcuttur. Hürrem Sultan’ın Mustafa’nın tuğrası ile mektup göndererek onun ölümüne neden olduğu düşüncesi de tamamen bunlardan birisidir. Kanuni Sultan Süleyman bu konu ile ilgili olarak araştırma yaparken Sokullu’ya talimat verir ve bu konuyu aslı astarınca araştırmasını ister. 

Bu sırada Şehzade Mustafa’nın gerçekten asker ile işbirliği içerisinde olduğu ve muhtemel bir darbe planı içerisinde olduğu meydana çıkar. Şayet Şehzade Mustafa bu mektuplar olmasaydı da zaten devlet içerisinde devlet kurma suçundan yargılanarak tekrardan öldürülebilirdi. Bu da olmasa kendi adına Tuğra çektirdiği için yine ölüm kararı verilebilirdi. Osmanlı geleneklerine göre bir şehzade Padişahlık mertebesine erişene kadar kesinlikle kendi adına bir Tuğra çektiremezdi. Mustafa’nın kendi adına Tuğra çektirmesi de bu kaidenin ihlalinin gerçekleştiğinin en önemli kanıtlarından birisidir. Tarihte yer aldığı asıl hikayesi budur. Sokullu gibi önemli bir adamın, yürüttüğü tahkikat sonucunda Şehzade Mustafa’nın ölmesi gerektiği açıkça ortadaydı. 

Bu nedenle, Şehzade Mustafa Babası ve dönemin padişahı olan Kanuni Sultan Süleyman tarafından rivayete göre boğdurularak öldürülmüştür. Cesedi görülmüş olmasına rağmen tam olarak ölüm şekli de net değildir. Ölümünden sonra na’şı ise Bursa’ya defnedilmiştir. Böylece tahtın yolu bir küçük şehzade olan Selim’e açılmıştır.